PCR反应污染原因和防止污染方法
上海坤科仪器设备有限公司 / 2014-10-14
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PCR反应的最大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性，但令人头痛的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生.
一、污染原因
(1)标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染，或标本放置时，由于 密封不严溢于容器外，或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染;标本核酸模板在提 取过程中，由于吸样枪污染导致标本间污染;有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶 或形成气溶胶而扩散，导致彼此间的污染.
（pcr基因扩增仪常见型号：C1000 Touch™ PCR 仪、S1000™ PCR 仪 、T100™ PCR 仪 、DNA Engine® 多槽 PCR 仪 CFX96 Touch™ 荧光定量 PCR 检测系统 、 CFX384 Touch™ 荧光定量 PCR 检测系统 、CFX Connect™ 荧光定量 PCR 检测系统 、CFX96 Touch Deep Well™ Real-Time PCR Detection System 、MiniOpticon™ 荧光定量 PCR 检测系统）
(2)PCR试剂的污染:主要是由于在PCR试剂配制过程中，由于加样枪、容器、双蒸水 及其它溶液被PCR核酸模板污染.
(3)PCR扩增产物污染.这是PCR反应中最主要最常见的污染问题.因为PCR产物拷贝量 大(一般为1013拷贝/ml)，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物 污染，就可造成假阳就可形成假阳性.
还有一种容易忽视，最可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染;在空气与液体面摩 擦时就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样 枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染.据计算一个气溶胶颗粒可含48000拷贝，因而由 其造成的污染是一个值得特别重视的问题.
(4)实验室中克隆质粒的污染:在分子生物学实验室及某些用克隆质粒做阳性对照的 检验室，这个问题也比较常见.因为克隆质粒在单位容积内含量相当高，另外在纯化 过程中需用较多的用具及试剂，而且在活细胞内的质粒，由于活细胞的生长繁殖的简 便性及具有很强的生命力.其污染可能性也很大.
（pcr基因扩增仪常见型号：Mastercycler® nexus PCR仪、Mastercycler nexus X1 PCR仪、Mastercycler nexus flat PCR仪、Mastercycler pro SProFlex™ PCR、2720、9700、veritiTL998A 、TL988-I、TL988-II、DTC-3E、DTC-3F、DTC-3Gplus、DTC-3T、DTCLifeTouch、GeneTouch、 GeneMax、新型XP Cycler、 Life ECO 基因扩增仪、小精灵、 梯度生命快车、生命快车Life Express、 GeneQ、 GenePro、 LifePro、 LineGene I、LineGene K、 LineGene 3320/3310、 LineGene 9600）
二、污染的监测
一个好的实验室，要时刻注意污染的监测，考虑有无污染是什么原因造成的污染，以 便采取措施，防止和消除污染.
对照试验
1.阳性对照:在建立PCR反应实验室及一般的检验单位都应设有PCR阳性对照，它是PCR 反应是否成功、产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志.阳性 对照要选择扩增度中等、重复性好，经各种鉴定是该产物的标本，如以重组质粒为阳 性对照，其含量宜低不宜高(100个拷贝以下).但阳性对照尤其是重组质粒及高浓度阳 性标本，其对检测或扩增样品污染的可能性很大.因而当某一PCR试剂经自己使用稳 定，检验人员心中有数时，在以后的实验中可免设阳性对照.
2.阴性对照:每次PCR实验务必做阴性对照.它包括①标本对照:被检的标本是血清就用 鉴定后的正常血清作对照;被检的标本是组织细胞就用相应的组织细胞作对照.②试剂 对照:在PCR试剂中不加模板DNA或RNA，进行PCR扩增，以监测试剂是否污染.
3.重复性试验
4.选择不同区域的引物进行PCR扩增
（pcr基因扩增仪常见型号：A300 、A200 、A100、A400、L48+、L96+、L108+、L384+、梯度型、L48G、L96G、L108G、MG25+、MG48+、MG96+、MG108+、NG384+、L96+/Y
MG96+/Y、L96G/Y、MG96G/Y、F36+、F36G
黑金刚EDC-810、ETC 811
K960-A；K960-B；K960-C；K960-D ；K640；K160
SLAN-96P、SLAN-96R（用于科研）、SLAN-48P、SLAN经典、SLAN-96S）
三、防止污染的方法
(1)合理分隔实验室:将样品的处理、配制PCR反应液、PCR循环扩增及PCR产物的鉴定 等步骤分区或分室进行，特别注意样本处理及PCR产物的鉴定应与其它步骤严格分开. 最好能划分①标本处理区;②PCR反应液制备区;③PCR循环扩增区;④PCR产物鉴定区. 其实验用品及吸样枪应专用.实验前应将实验室用紫外线消毒以破坏残留的DNA或RNA.
(2)吸样枪:吸样枪污染是一个值得注意的问题.由于操作时不慎将样品或模板核酸吸 入枪内或粘上枪头是一个严重的污染源，因而加样或吸取模板核酸时要十分小心，吸 样要慢，吸样时尽量一次性完成，忌多次抽吸，以免交叉污染或产生气溶胶污染.
(3)预混和分装PCR试剂:所有的PCR试剂都应小量分装，如有可能，PCR反应液应预先 配制好，然后小量分装，-20℃保存.以减少重复加样次数，避免污染机会.另外，PCR试剂，PCR反应液应与样品及PCR产物分开保存，不应放于同一冰盒或同一 冰箱.
(4)防止操作人员污染，使用一次性手套、吸头、小离心管应一次性使用.
(5)设立适当的阳性对照和阴性对照，阳性对照以能出现扩增条带的最低量的标准病 原体核酸为宜，并注意交叉污染的可能性，每次反应都应有一管不加模板的试剂对照 及相应不含有被扩增核酸的样品作阴性对照.
(6)减少PCR循环次数，只要PCR产物达到检测水平就适可而止.
(7)选择质量好的Eppendorf管，以避免样本外溢及外来核酸的进入，打开离心管前 应先离心，将管壁及管盖上的液体甩至管底部.开管动作要轻，以防管内液体溅出.
（pcr基因扩增仪常见型号：Hema 9700 、Hema 9600、Hema3200、Hema 240 / 360PCR仪、Hema480/ 4800PCR GE9611T/6021T /4851T/4831T /3841T、 GE9612T/6022T /4852T/4832T /3842T 、GE9611/4831/6021/3841/4851 、GE9612/4832/6022/3842/4852 、GT9611/9631/5421/3841、GT9612/9632/5422/3842）
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